| 順位 | 記録 | 名前 | 日時 | 大会 | 場所 |
| 1 | 46.31 | 友田 真隆 |
R4.9.9 |
日本インカレ | たけびしスタジアム京都 |
| 2 | 47"92 | 石井 大己 | R3.6.27 | 8大学対校戦 | 上柚木 |
| 3 | 48"50 | 吉田 勇登 | H29.5.26 | 関東インカレ | 日産 |
| 4 | 48"76 | 大貫 健太郎 | H17.6.5 | 8大学対校戦 | 上柚木 |
| 5 | 49"02 | 田中 英二 | H3.5.17 | 関東インカレ | 国立 |
| 6 | 49"08 | 大塚 雄介 | H28.7.17 | 8大学対校戦 | 上柚木 |
| 7 | 49"22 | 藤田 和彦 | H18.9.17 | 関東新人 | |
| 8 | 49"31 | 川尻 陽平 | H16.3.28 | 厚木市記録会 | 厚木 |
| 9 | 49"52 | 村松 正城 | H20.6.28 | 14大学対校戦 | 野津田 |
| 10 | 49"67 | 坂巻 貴史 | H18.4.23 | 東大競技会 | 東大 |
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